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Bei der qualitativen Überwachung der Küstengewässer stehen die Erfassung der verschiedenen physikalischen und chemischen Belastungen und ihre Auswirkungen auf die aquatischen Lebensgemeinschaften sowie die Erfolgskontrolle eingeleiteter Maßnahmen im Vordergrund. Sie erfolgt seit 1993 auf der Grundlage der jährlich durch das Ministerium für Klimaschutz, Landwirtschaft, ländliche Räume und Umwelt M-V (LM) herausgegebenen Gewässerüberwachungserlasse.
Der Schwerpunkt der Untersuchungen in Wasserproben liegt bei den gut wasserlöslichen Stoffen, während Stoffe, die sich in Sedimenten und in Biota (z.B. Fische oder Muscheln) anreichern, in diesen Kompartimenten zu untersucht werden. Hierbei sind EU-Richtlinien und internationale Vereinbarungen, sowie nationale Gesetzgebung, zu berücksichtigen.
Mecklenburg-Vorpommern hat eine Küstenlänge von 1.712 Kilometer, davon 354 Kilometer Küste zur offenen See Die inneren Küstengewässer von der Wismarbucht im Westen bis zum Kleinen Haff im Osten weisen eine Fläche von rund 1.710 km2 auf.
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