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Bei der qualitativen Überwachung der Fließgewässer stehen die Erfassung der verschiedenen physikalischen und chemischen Belastungen und ihre Auswirkungen auf die aquatischen Lebensgemeinschaften sowie die Erfolgskontrolle eingeleiteter Maßnahmen im Vordergrund. Sie erfolgt seit 1993 auf der Grundlage der jährlich durch das Ministerium für Klimaschutz, Landwirtschaft, ländliche Räume und Umwelt M-V (LM) herausgegebenen Gewässerüberwachungserlasse.
Der Schwerpunkt der Untersuchungen in Wasserproben liegt bei den gut wasserlöslichen Stoffen, während Stoffe, die sich in Schwebstoffen und in Biota (z.B. Fische oder Muscheln) anreichern, in diesen Kompartimenten zu untersucht werden. Hierbei sind EU-Richtlinien und internationale Vereinbarungen, sowie nationale Gesetzgebung, zu berücksichtigen.
Mecklenburg-Vorpommern ist ein sehr gewässerreiches Land. So umfasst das Fließgewässernetz eine Fließstrecke von mehr als 40.000 km, wovon über 8.000 km berichtspflichtig für die EU Wasserrahmenrichtlinie sind.
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